CeFU blev dannet i januar 2000 på initiativ af DUF – Dansk Ungdoms Fællesråd. Forud for dannelsen var et ønske om at skabe noget unikt i dansk forskning, nemlig et forskningscenter med en forening bag sig med repræsentanter fra interesseorganisationer, offentlige institutioner og erhvervslivet.
CeFU har altid været tilknyttet et universitet, men har i årenes løb haft glæde af at samarbejde med forskellige universiteter. I 2013 flyttede CeFU til Aalborg Universitet i København.
